Desde marzo de 1970 labora en el Hospital de Especialidades del Centro Médico Nacional Siglo XXI y toda su trayectoria la ha desarrollado en esta unidad médica. • En 1984 aceptó la jefatura Departamento Clínico de Imagenología Diagnóstica y Terapéutica. • Destacó el impulso que se ha dado a la innovación y desarrollo tecnológico, en particular equipos de resonancia magnética y tomografía de reciente adquisición.
Con más de 56 años de servicio en el Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), el doctor Francisco José Avelar Garnica es pionero y referente del Departamento Clínico de Imagenología Diagnóstica y Terapéutica de la Unidad Médica de Alta Especialidad (UMAE) Hospital de Especialidades del Centro Médico Nacional (CMN) Siglo XXI, donde ha formado a cientos de especialistas y continúa al servicio de la derechohabiencia.