Destaca Seguro Social en ranking internacional Scimago, que evalúa la investigación científica realizada por instituciones públicas de salud; es líder en estudios sobre enfermedades metabólicas, diabetes, hipertensión, obesidad, cardiovasculares, resistencia antimicrobiana, entre otras. Actualmente, cuenta con 668 investigadores, 225 de tiempo completo, 441 clínicos, 35 unidades de investigación y 5 centros de investigación.